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Pilot3-6T應用于制藥領域，包括生物制藥、化藥、中藥研發小試。Pilot3-6T制藥應用涉及產品有：抗生素、維生素、有機酸、輔酶、酶抑制劑、激素、免疫調節物質、干擾素、胰島素、白細胞介素-2 、活性因子、疫苗、單克隆抗體、蛋白酶、尿急酶、L-天冬酰胺酶、天然產物提取藥物。